A e-Infraestrutura PORBIOTA está ligada às principais instituições portuguesas que actuam na área da biodiversidade:
CIBIO-InBIO, Rede de Investigação em Biodiversidade e Biologia Evolutiva, Laboratório Associado,
cE3c, LEAF-ISA e CEF-ISA, Universidade de Lisboa,
CESAM, Universidade de Aveiro,
MARE, Universidade de Coimbra,
IPVC, Instituto Politécnico de Viana do Castelo.
Também está ligada aos três principais museus da Rede Portuguesa de Museus de História Natural:
MUHNAC-UL, Universidade de Lisboa,
MC-UC, Universidade de Coimbra,
MHNC-UP, Universidade do Porto.
Faz parte o instituto nacional para a conservação da natureza e a sociedade Portuguesa para a promoção da Ecologia:
ICNF, Instituto de Conservação da Natureza e das Florestas,
SPECO, Sociedade Portuguesa de Ecologia,
e do nó nacional de Global Biodiversity Information Facility:
A e-Infraestrutura PORBIOTA está listada no Roteiro Nacional de Infraestruturas de Investigação de Interesse Estratégico (RNIE), que inclui LTER Portugal, ICOS Portugal e AZORES BIOPORTAL.